우주 이민과 우주 전쟁의 역사가 시작된 우주세기 종식 후 장시간의 시간이 흘렀다.
새로운 시대, 리길드 센추리(R.C)를 맞게 된 인류의 조화와 번영은 평화와 더불어 이대로 계속되어 나가는 것이라고 여겨지게 되었다.

때는 바야흐로 R.C 1014년.

지상에서 우뚝 솟은 지구와 우주를 잇는 궤도 엘리베이터 캐피털 타워.
지구상의 에너지원인 포톤 배터리를 우주보다 더 많이 가지고 있기에 신성시되는 곳이다.
그 캐피털 타워를 수호하기 위해 조직된 캐피털 가드의 생도 벨리 제남은 처음 실습 중에 어느 나라의 기술도 아닌 고성능 모빌슈트 G-셀프의 습격을 받게 된다.

작업용 모빌슈트로 교전한 벨리는 G-셀프 포획에 성공한다.
그러나 G-셀프를 조종하고 있던 우주해적 소녀 아이다 레이헌턴에게 무언가를 느끼는 벨리. 그것은 본 적도 없는 G-셀프 자체에 대해서도 마찬가지였다.
그리고 특정 조건을 충족하지 않으면 움직이지 않는 G-셀프를 벨리는 가동시켜 버린다.

캐피털 타워를 습격하는 우주해적과 아이다의 목적.
G-셀프를 선택한 벨리가 걷게 될 운명.
그 끝에 기다릴 리길드 센추리 전체를 뒤흔들 진상이었다.